Les origines du Class Sovereign remontent jusqu'à 2338. En cette période, les relations entre la Fédération Unie des Planètes et l’Empire Klingon se sont dégradées de manière significative, à tel point que la guerre était considérée par beaucoup comme imminente.
Le Président de la FUP ordonna à Starfleet de mettre au point une nouvelle conception de vaisseau disposant d’une capacité de combat très supérieure à la moyenne. Ce projet était à un stade avancé de sa conception, lorsque la perte de l’Enterprise C, durant l’incident de Narendra III, atténua considérablement les tensions existant entre les deux puissances.
Le Class Sovereign fut alors sur le point d’être abandonné, mais Starfleet orienta le projet sur un vecteur de recherche uniquement. Surnommé le projet Sovereign, il devint dés lors un vaisseau théorique conçu uniquement comme un modèle informatique, seuls, de temps à autre, quelques matériaux furent produits et testés en temps réel, afin de mieux évaluer les principes de la conception. Le but de ces recherches étant de concevoir un vaisseau pouvant être mis rapidement en production, si, dans l'avenir, une crise venait à se présenter.
La conception de base du Sovereign a été remise à jour tous les cinq ans afin d'y intégrer au fur et à mesure les progrès technologiques. Initialement, le Sovereign n’était qu’une simple refonte de la Class Ambassador dont on avait augmenté la capacité d’armement au détriment des capacités d’exploration et diplomatiques.
Entre 2350 et 2360, toutes les avancées technologiques développées pour le Class Galaxy, particulièrement la conception du design des nacelles et du Warp Core furent installées sur le Sovereign.
Le rétablissement des relations avec l’Empire Romulien en 2364 entraîna une révision importante du projet, de nombreux éléments conçus pour le Sovereign furent désormais mis en production réduite, afin d’établir des réserves de matériel destinées à permettre un assemblage rapide en cas de besoin.
La même année, a également lieu le premier contact avec les Borgs. Le projet Sovereign est alors activé et la construction des quatre premiers exemplaires est lancée. Cependant, il était évident qu'une grande partie de l’armement du Sovereign était identique à celui du Class Galaxy, lequel s’était révélé inefficace face aux Borgs lors de cette première rencontre. De nouvelles armes étaient en préparation, mais elles ne pourraient être disponibles dans un avenir immédiat. Et malgré les efforts consentis par les Ingénieurs de Starfleet, il était clair que le Class Sovereign ne pourrait être opérationnel à temps pour faire face à la crise qui s’annonçait.
La solution préconisée par Starfleet fut de continuer la construction de la coque et de travailler sur la propulsion, les systèmes informatiques et les senseurs qui se trouvaient déjà en production, mais de suspendre les travaux concernant les boucliers et les systèmes d'armement : les phasers et les lance-torpilles à photons, durant les trois prochaines années.
Mais au lieu de cela, un nouveau projet de développement fut lancé, il concernait la conception d'un petit vaisseau de guerre, qui pourrait être facilement produit tout en intégrant les nouveaux types d'armement, en fait il s'agissait essentiellement d'une réplique du projet Sovereign en miniature.
Pour concevoir et construire le vaisseau en un minimum de temps, il fallait en réduire fortement la taille. Il fallait aussi envisager que celui-ci ne puisse effectuer que des missions de courte durée. De par sa conception, ce vaisseau exigerait une maintenance intensive, car il ne transporterait que de stocks limités de pièces de rechange non replicables.
Compte tenu du peu de confort et du nombre peu élevé de quartiers disponibles, ainsi que des réserves de carburant qu'elle pouvait emporter, la nouvelle classe de petits vaisseaux ne pourraient maintenir un rendement optimum que pendant 6 à 8 semaines lors d'opérations indépendantes, beaucoup moins que ce qui avait été envisagé pour le Sovereign. Le Class Defiant fût également un banc d'essai pour les divers développements de la technologie destinée à être intégrée dans le projet Sovereign dés que celui-ci serait prêt.
La construction du Sovereign continua jusqu'à la fin des années 2360. Avec la destruction du Cube Borg en 2366, Starfleet estima que la menace avait suffisamment diminué pour permettre au Sovereign d'entrer en service avant toute autre nouvelle menace. La construction du Class Defiant a donc été suspendue, mais le prototype n'a pas été mis au rebut. L'expérience du Defiant a été mise à profit sur le Sovereign dans le développement de son armement et le processus s'est poursuivi même lorsque l'USS Defiant a été placé sur DS9.
Le remplacement des torpilles à photons par des torpilles quantiques et l'installation d'une armure ablative sont d'excellents exemples des avancées technologiques de Starfleet. En outre, le système informatique bio neural mis au point pour le Class Intrepid a également été installé sur le Sovereign.
Le premier Class Sovereign, l’USS Sovereign est lancé en 2371, suivit 6 mois plus tard, par l’USS Honorius. La perte de l'USS Enterprise-D dans le courant de cette année a conduit à rebaptiser un Class Sovereign sous le vocable USS Enterprise-E dont le commandement a été confié au Capitaine Picard.
Le Class Sovereign devient dés lors le vaisseau le plus sophistiqué et le plus lourdement armé que Starfleet ait jamais produit. Il est équipé de la nouvelle variante des phasers de types XII, qui équipaient jusque là les Starbases les plus puissantes. En plus de sa puissance, 60% supérieure aux phasers de type X qui équipaient le Class Galaxy, le type XII a un temps de recharge moindre et la capacité de tirer plus longtemps, ce qui lui donne une efficacité au combat supérieure de 76,4% par rapport au type X.
L’armement en torpilles est tout aussi impressionnant. La tourelle principale située à l’avant du déflecteur est capable de tirer quatre torpilles quantiques par seconde. Les tubes lance torpilles à photons sont également capables de lancer des torpilles quantiques. Quatre d'entre eux se trouvent à la base de la section Ingénierie en deux paires, l'une tournée vers l'avant du vaisseau et l'autre vers l'arrière. Chacun de ces tubes est capables de tirer des salves pouvant aller jusqu’à 12 pièces.
Le système des boucliers du class Sovereign est également le plus puissant jamais installé sur un vaisseau de Starfleet. Sa conception a été modifiée afin de pouvoir résister aux rayons tracteurs de haute énergie, utilisés par les Borgs, ainsi qu’aux armes polaroniques utilisées par le Dominion.
Durant toutes les opérations, la modulation des boucliers est sous le contrôle du système informatique qui le remodule constamment en fonction des tirs qu’il essuie afin d’assurer constamment une efficacité maximale. On espère que ce système permettra également de neutraliser la technologie des téléporteurs Borgs.
Le class Sovereign compte parmi les vaisseaux les plus rapides de Starfleet avec une vitesse de croisière de Warp 9.9 et une vitesse maximale de 9.99 pour une durée de 20h00. Cette vitesse de croisière très élevée lui permet de se rendre aussi rapidement que possible aux points chauds potentiels.
Son système de propulsion par impulsion est également extrêmement performant, donnant au vaisseau une manœuvrabilité équivalant à des vaisseaux faisant le quart de sa taille. La conception nouvelle de son système de propulsion lui permet également ne pas produire des effets néfastes pour le subespace, une caractéristique désormais commune à tous les vaisseaux de Starfleet.
Son baptême du feu eut lieu en 2373 lorsqu’un cube Borg attaqua à nouveau la Fédération et que le Capitaine Jean Luc Picard désobéissant aux ordres, regagna l'orbite Terrestre et engagea l’Enterprise E contre le cube Borg et réussit à le détruire en polarisant l'entièreté des tirs sur son point faible. L'Enterprise-E a ensuite été entrainé dans le passé par les Borgs et faillit être assimilé. Une fois de plus l'équipage est parvenu à vaincre les Borgs et à regagner son époque.
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